El Mar Menor era hace diez millones de años una gran bahía abierta al Mar Mediterráneo. Los movimientos de formación de las montañas vertieron sedimentos a través de los ríos, procedentes de lo que actualmente conocemos como Campo de Cartagena, surgiendo así volcanes submarinos que dieron lugar a las islas actuales: Grosa, Mayor o del Barón, Perdiguera, Ciervo, Sujeto y Redonda, de esta misma forma emergería el monte El Carmolí.
La laguna que hoy conocemos como Mar Menor se formó en la era del Cuaternario (2.000.000 a. C.), sobre una bahía que se extendía desde la actual Cabo de Palos hasta lo que hoy conocemos como El Mojón (San Pedro del Pinatar), gracias a las corrientes marinas han arrastrado de forma natural sedimentos arenosos procedentes del norte, especialmente los aportados desde la desembocadura del río Segura, que chocaban contra cabo de Palos y se iban depositando sobre las elevaciones de tipo volcánico de Calnegre y Monte Blanco, así como los escollos de areniscas terciarias de los promontorios del Pedrucho, Estacio y Punta de Algas, hasta que hace unos 2.000 mil años se cerró casi por completo formando la laguna del Mar Menor. A partir de entonces, el mar interior o Mar Menor se comunicaría con el Mediterráneo a través de una serie de canales o golas naturales que renuevan las aguas.

El Mar Menor, con 180 kilómetros cuadrados de superficie, es la laguna salada más grande de Europa. Está separada del Mar Mediterráneo por una estrecha franja de arena de 22 kilómetros de largo y entre 100 y 800 metros de ancho, denominada La Manga del Mar Menor.
Desde la época de los cartagineses, para después continuar los romanos y musulmanes, las Salinas de San Pedro del Pinatar han sido explotadas para la producción de sal, convirtiéndose en un elemento clave en la economía y la vida de la región.
La sal era utilizada en la industria de los salazones.
Durante la Edad Media y el Renacimiento, su importancia creció gracias al comercio de la sal, un recurso vital para la conservación de alimentos. Con el paso de los siglos, la actividad salinera se ha mantenido hasta nuestros días, adaptándose a las nuevas tecnologías sin perder su esencia tradicional.

A lo largo del tiempo, en las charcas de las salinas, se han ido depositando sales, minerales, conviertiendo el fondo en un lodo marino rico en minerales, estos lodos marinos extraídos de las charcas de las salinas de San Pedro del Pinatar han sido utilizados desde la antigüedad con fines preventivos y curativos para paliar diferentes dolencias aportando al organismo minerales básicos para la salud.
Durante la Edad Media, el conocimiento sobre las propiedades medicinales de las charcas se transmitió de generación en generación. Las comunidades locales utilizaban los lodos de las salinas para tratar afecciones cutáneas, heridas y problemas articulares. A pesar de la ausencia de estudios científicos en la época, el uso de estos lodos se consolidó como parte de la medicina popular y el saber tradicional.
Con el auge de la ciencia en los siglos XVIII y XIX, comenzaron a estudiarse con mayor rigor las propiedades curativas de los minerales presentes en las charcas. Se documentaron beneficios en el tratamiento de enfermedades reumáticas y dermatológicas, y la zona empezó a atraer a visitantes que buscaban alivio para sus dolencias. En esta época, el interés por los balnearios y las aguas mineromedicinales creció en toda Europa, situando a las Salinas de San Pedro del Pinatar en el mapa de los destinos terapéuticos.
A lo largo del siglo XX, los estudios sobre las propiedades terapéuticas de los lodos y aguas salinas de la zona se intensificaron. Investigaciones médicas confirmaron sus efectos antiinflamatorios, exfoliantes y regeneradores, lo que llevó a un aumento en la afluencia de personas que buscaban tratamientos naturales para enfermedades como la artritis, el reumatismo y problemas cutáneos. Durante este periodo, la actividad turística se diversificó, combinando el atractivo de la naturaleza con el bienestar.